Przewoźnik będzie oferować 50 rejsów tygodniowo do/z portów Federacji Rosyjskiej, jak dotąd najwięcej w historii czeskich linii lotniczych. W zimowym rozkładzie lotów pojawią się nowe destynacje, jak: Male na Malediwach, Soczi i Kazań. Dzięki podpisanemu z Air France porozumieniu code-share, pasażerowie Czech Airlines otrzymają do wyboru na trasie Praga – Paryż 40 lotów tygodniowo.
Oferta Czech Airlines w sezonie zimowym to regularne loty do 89 portów w 49 krajach, z których czeski przewoźnik obsłuży przeloty do 54 lotnisk w 34 państwach. Zimowy rozkład lotów Czech Airlines obowiązywać będzie od 30 października 2011 do 24 marca 2012 roku. Przewoźnik wprowadzi wcześniej anonsowane regularne loty z Karlovych Varów do Samary oraz nocne rejsy do Moskwy. Czech Airlines będą również obsługiwać najwiekszą, jak do tej pory ilość rejsów do/z Ukrainy.
Łącznie w zimowym rozkładzie lotów czeskich linii będzie 27 tygodniowych lotów na Ukrainę, o 13 więcej, niż w sezonie ubiegłym. Czech Airlines dodadzą też w rozkładzie zima 2011/2012 nocne loty do Kijowa i Lwowa. We współpracy z Tatarstan Airlines, czeskie linie otworzą połączenia do Kazania, stolicy Tatarstanu. Rozkład zimowych połączeń zostanie dodatkowo wzbogacony o rejsy do Soczi (przy współpracy z Aerofłotem), Perm i Biszkeku w Kirgistanie. Począwszy od sezonu zimowego, dodatkowe połączenia długodystansowe dzięki współpracy Czech Airlines z Etihad, przewoźnik zaoferuje do Abu Dhabi.
Wspólnie z Etihad czeskie linie zaoferują loty do Sydney, Melbourne, Bangkoku, Colombo, Cape Town, Johannesburga, Pekinu, Kuwejtu, Muscatu, Bahrainu i Dubaju.W sezonie zimowym 2011/2012 Czech Airlines zawieszą regularne połączenia do Marsylii, Wenecji, Bordeaux, Taszkientu, Barcelony, Brukseli i Rzymu.
